貸出返却画面で大エリアの１つを非表示にしたいですが、削除すればいいですか？

大エリアを登録しないと、機器管理場所としてご利用いただけなくなりますので、削除はおすすめしません。

ある大エリアが貸出先に表示されるかどうかは、その大エリアに紐づく小エリアを貸出先に表示する設定にしているかどうかで決まります。

そのため、ある大エリアに紐づく小エリアを、全て「貸出先に表示しない」に設定いただくと、その大エリアは貸出先として表示されなくなります。

設定方法は、建物場所の設定＞建物・場所情報の編集方法を参照ください。